La Junta Directiva de la FAPE es el órgano ejecutivo permanente para la dirección y administración de la Federación. Velará por el cumplimiento de los Estatutos y de los acuerdos de la Asamblea General, a la que dará cuenta de su gestión

La Asamblea General de la Federación de Asociaciones de Periodistas de España, como órgano máximo de Gobierno, estará integrada por los representantes designados por cada Asociación federada o vinculada y presidida por quien ostente la Presidencia de la Federación, auxiliado por la Junta Directiva

La Asamblea General nombrará, cada cuatro años, de entre profesionales de reconocido prestigio y acreditada experiencia profesional, pertenecientes a Asociaciones federadas, a propuesta de la Junta Directiva, la Comisión de Garantías y Asuntos Profesionales, que estará compuesta por cinco personas